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O Programa de Pós Graduação em Ciência da Computação tem a honra de convidar toda a comunidade acadêmica para participar da Defesa de Dissertação de Mestrado abaixo relacionada:

1) Aluno: Renato Renison Moreira Oliveira

Matrícula: 201520070005
Titulo: "GAVGA: Um Algoritmo Genético para Montagem de Genomas Virais". 

Orientador: Prof. Dr. Claudomiro de Souza de Sales Junior
Data: 11/10/2017.

Hora:10 h

Local: LABCOMP 1 do Instituto de Ciências Exatas e Naturais da Ufpa.

Banca Examinadora:

PROF. DR. CLAUDOMIRO DE SOUZA DE SALES JUNIOR - ORIENTADOR – (PPGCC/UFPA)

PROFA. DRA. REGIANE SILVA KAWASAKI FRANCÊS - CO-ORIENTADOR – (FACOMP/UFPA)

PROF. DR. RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ALVES - MEMBRO INTERNO – (PPGCC/UFPA)

PROFA. DRA. DANIELLE COSTA CARRARA COUTO - MEMBRO EXTERNO -- (UFPA/CAMPUS ANANINDEUA)

PROFA. DRA. FABÍOLA PANTOJA OLIVEIRA ARAÚJO - MEMBRO EXTERNO – ( FACOMP/UFPA)

 

Resumo:

A bioinformática tem crescido consideravelmente desde o desenvolvimento do primeiro sequenciador de DNA, sendo bastante utilizada atualmente para análise e tratamento dos dados gerados pelos chamados sequenciadores de nova geração. Genomas virais representam um grande desafio para a bioinformática pelo fato de apresentarem uma alta taxa de mutação, o que os permite formar quasi-espécies em um mesmo hospedeiro infectado, dificultando bastante a montagem e posterior análise desses genomas virais.
Neste trabalho, foi implementado e avaliado o desempenho de um algoritmo genético, chamado GAVGA, que realiza a montagem de genomas virais. O processo de montagem do GAVGA primeiramente realiza a clusterização das sequências (reads) que compartilham uma substring comum (seed) e, para cada cluster, é utilizado um algoritmo genético para verificar se há sobreposição entre as reads, dada uma porcentagem de similaridade mínima. Os resultados do GAVGA foram comparados aos montadores Newbler, SPAdes e ABySS, assim como também ao montador viral VICUNA. Tais resultados confirmaram que o GAVGA montou corretamente as sequências, obtendo dados melhores que dos outros montadores. O GAVGA foi implementado em Python 2.7+ e pode ser baixado no endereço https://sourceforge.net/projects/gavga-assembler/. 

Palavras-chave: Bioinformática, Inteligência Artificial, Montagem de genomas, Vírus, Algoritmos genéticos.

O Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação convida toda comunidade acadêmica para participar da Palestra sobre Métodos Ágeis, com palestrantes nacionais, segue a chamada.

 
Na próxima quinta-feira, dia 14/09, teremos dois convidados que farão palestras sobre métodos ágeis. As palestras vão acontecer no auditório do auditório do PCT Guamá, começando às 9h:30m.  
As palestras são particularmente relevantes para alunos procurando temas de pesquisa (seja na IC, mestrado ou doutorado).
 
 
 
Detalhes das apresentações:
 
Titulo: Design de Software em Métodos Ágeis

Resumo: Metodologias clássicas de desenvolvimento de software possuem uma abordagem de design de software baseada em tradicionais processos de engenharia, onde inicialmente é feito um grande projeto e em seguida esse projeto é implementado. Devido a natureza dinâmica de um software, muitos problemas não podiam ser previstos e algumas estruturas introduzidas no projeto acabavam nunca sendo utilizadas. Sendo assim, não era obtido o retorno esperado sobre o investimento feito nessa grande fase inicial. As metodologias ágeis propõe uma abordagem diferente, na qual o design do software vai emergindo e evoluindo durante a construção da aplicação. Para que seja possível evoluir o código e sua modelagem de forma segura, é necessário ter disciplina e utilizar técnicas como o TDD e refatoração no desenvolvimento da aplicação. Essa palestra irá apresentar aos participantes os fundamentos do design emergente de aplicações através de técnicas como TDD e refatoração, a fim de mostrar como é possível modelar e evoluir uma aplicação de forma contínua.


Eduardo Guerra is researcher in the National Institute for Space Research (INPE) in Brasil, where he is the current coordinator of the graduate program in Applied Computing. He was a teacher in one of the most recognized engineering institutes in Brasil, the Institute of Aerospacial Technology (ITA), for 6 years, where he concluded his graduation, mastering and PhD. He is currently developing an on-line specialization course about software design and agile methods in partnership with ITA for the Coursera platform.  He was for 7 years the chief-editor of a programming magazine focused on the Java platform called MundoJ and he also have 2 books about software design published in portuguese: “Design Patterns com Java: Projeto orientado a objetos guiado por padrões” and “Componentes Reutilizáveis em Java com Reflexão e Anotações”. His research areas are framework development, software design and architecture, software repository mining, and agile methodologies, which resulted in several papers published in recognized conferences and journals. He participate actively from the patterns community, being a member of the board from Hillside Group.


Título: Como Fazer e Não Fazer Agile

Resumo: nesta palestra apresentarei resultados de pesquisas realizadas em três projetos de desenvolvimento de software de Recife-PE, bem como relato de experiência com consultoria em Melhoria de Processo de Software em Pernambuco e na Paraíba.

Fernando Kenji é professor do Instituto Federal de Alagoas (IFAL), Mestre em Ciências da Computação pela Universidade Federal de Pernambuco - UFPE (2010-2012), e doutorando do Centro de Informática da UFPE. Atua na área de Engenharia de Software através de pesquisas acadêmicas, e prestou consultoria (implantação e avaliação) em modelos de qualidade de software, o MPS.BR e CMMI (DEV e SVC), juntamente com as Metodologias Ágeis, mais especificamente com o SCRUM, tendo realizado serviços para empresas vinculadas ao Porto Digital de Pernambuco e da cidade de João Pessoa em 2010 e 2011.
 

A Universidade Federal do Pará (UFPA), através do Instituto de Ciências Exatas e Naturais (ICEN), torna público que as inscrições à seleção de candidatos à turma de 2017 do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC), em nível de Doutorado, recomendado pela CAPES e aprovado pela Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PROPESP/UFPA), estarão abertas no período de 06 de março de 2017 até 30 de novembro de 2017, considerando o número máximo de 10 (dez) vagas para ingresso no ano letivo de 2017, em regime de fluxo contínuo. 

Clique aqui para informações e acesso ao edital.

O Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC) da Universidade Federal do Pará (UFPA) divulga a relação dos aprovados na seleção 2017.1 para ingresso ao curso de Mestrado. Foram aprovados 33 (trinta e três) candidatos de um total de 41 (quarenta e um) selecionados na Etapa 1.Para visualizar a lista completa dos candidatos aprovados clique aqui.

Ressaltamos que, de acordo com a Seção 1 do Edital do Processo Seletivo 2017.1, a Etapa 2 foi considerada como eliminatória e de responsabilidade de cada Professor-Orientador, seguindo os critérios e instrumentos definidos por este. Assim, os resultados das avaliações da Etapa 2 podem ser conferidos com o Professor-Orientador responsável.

Comunicamos, ainda, que encontra-se na página do PPGCC na Internet (www.ppgcc.propesp.ufpa.br, menu “Acadêmico/Matrícula”) o período de matrícula e a lista de disciplinas ofertadas para o primeiro semestre de 2017, onde se torna obrigatória a matrícula dos alunos ingressantes nas disciplinas consideradas obrigatórias.

Os alunos a serem matriculados devem comparecer na Secretaria do PPGCC munidos do Formulário de Matrícula, disponível na página do PPGCC na Internet (www.ppgcc.propesp.ufpa.br, menu “Documentos/Formulários”) preenchido e assinado pelo Professor-Orientador no período definido.

 

Todos os alunos selecionados para a turma de Mestrado 2017.1 devem participar da aula inaugural dia 13/03/2017 - Sala FC-02 às 9:30hs.

 

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